Charles dari Bourbon (Carlo di Borbone) memutuskan untuk membangun tempat peristirahatan berburu di bukit Capodimonte pada tahun 1738. Dieksekusi sesuai rencana oleh Antonio Medrano, bangunan ini selesai satu abad kemudian. Dari tahun 1758 hingga 1806, Charles dari Bourbon memindahkan harta karun sejarah dan artistik koleksi Farnese yang diwarisi dari ibunya, Elisabetta, ke istana Neapolitan.Pada koleksi yang mengesankan ini, ia menambahkan karya-karya yang telah dikumpulkan keluarga Bourbon di istana mereka di Roma.
Selama masa pendudukan Prancis dari tahun 1806 hingga 1815, bangunan ini menjadi tempat tinggal. Kamar-kamar di Palazzo dilengkapi untuk mengakomodasi para penguasa baru, dan semua karya seni serta barang antik dibawa ke gedung Palazzo degli Studi, yang kemudian menjadi Museum Arkeologi Nasional.
Pada tahun 1920, istana berpindah tangan dari Mahkota ke Negara. Pada tahun 1957, Museo e Gallerie Nazionali di Capodimonte, salah satu museum terpenting di Italia, dibuka untuk umum.
Koleksi Farnese, yang dimulai oleh Alessandro Farnese (yang kemudian menjadi Paus Paulus III), memiliki dua cabang: koleksi Romawi (dengan karya-karya Raphael, Sebastiano Del Piombo, Titian, El Greco, Carracci bersaudara, dan Botticelli) dan koleksi Parmesan (karya-karya Flemish yang penting serta karya-karya pelukis dari wilayah Emilia). Koleksi Farnese diwarisi oleh Charles dari Bourbon, dan diperkaya selama dua abad dengan akuisisi penting dari zaman Bourbon, membentuk apa yang sekarang dinamai “Collezione Borbone.”
Museum ini juga menyimpan serangkaian lukisan yang berasal dari gereja-gereja Neapolitan, di antaranya dua mahakarya Caravaggio, salah satunya Flagellation of Christ yang terkenal.
Anda akan berkesempatan untuk mengagumi lukisan dari aliran Liguria - Provencal, dari abad ke-15 Tuscany dan Verona, dari aliran Emilia dan Veneto pada abad ke-16, 17, dan 18, serta karya-karya dari pelukis manneris dan Flemish pada abad ke-15 dan ke-16, dan koleksi lukisan yang kaya dari aliran Neapolitan (abad ke-15 hingga ke-17).
Lantai dua museum ini menyimpan koleksi karya seniman kontemporer terkenal dan ternama, membentuk kontras yang menarik dengan koleksi bersejarah.